教会改革运动首先在米兰引起了轩然大波。米兰的僧俗封建主敌视改革，反对由驻米兰的教皇使节召开宗教会议。德意志皇帝亨利四世也乘机插手，他打破由教皇主持主教授职仪式的惯例，于1072年把象征主教职位的指环和节杖授子那个被教皇拒绝承认的、反对改革运动的大主教候选人。这样，以争夺米兰大主教任命权为导火线，爆发了罗马教皇与德意志皇帝之间的长达200多年的斗争。

1073年格雷戈里七世登位后，教皇与皇帝的斗争更趋激烈。1075年，格雷戈里七世发布通渝，禁止君王，贵族行使神职任命权，并威胁要废幽亨利四世。亨利四世毫不示弱，召集德意志主教会议，指控格雷戈里七世靠狡猾手段和金钱拉拢爬上教皇宝座，滥用权力，荒淫放荡等等。教皇利用当时德意志局势不稳，发布救令，废黝亨利四世，把他革除教籍，解除臣民对皇帝效忠的誓约。亨利四世陷于孤立，不得不向教皇庙服。1077年，亨利四世来到意大利教皇住所卡诺沙城堡外，赤足披毡，等候三天，求教皇赦罪。在得到教皇赦罪后，才返回国去。不料这时反对亨利四世的贵族另选公爵鲁道尔夫为皇帝。教皇又玩弄阴谋，挑动双方进行内战，达3年之久，自己则坐山观虎斗。1080年，鲁道尔夫胜利，教皇立刻把他加封为皇帝，再次宣布废到亨利四世。不久，亨利四世却转败为胜，并且乘胜进军意大利，围困罗马达2年之久。教皇向诺曼人求攫。但诺曼军队还未来到，罗马城已被攻陷，格雷戈里七世出逃。亨利四世另扶立一个教皇，称克雷门三世。当诺曼人的军队逼近罗马时，亨利四世撤兵而去，诺曼人遂进入罗马，抢劫3天，然后放一把火，罗马城的1/3都被烧了。

当格雷戈里七世与亨利四世都相继去世后，他们的后继者仍继续为争夺主教任命权而战。1110年，亨利五世率军进入罗马，把教皇连同红衣主教们逮捕监禁，强使教皇帕夏二世承认皇帝对教会选举产生的主教、修道院院长方叙任权，以此换取释放。但不久教皇又翻悔，于1112年召开拉太朗宗教会议，推翻协议。亨利五世再次出兵，把帕夏二世驱逐，另立新教皇卡立克斯特斯二世。最后，卡立克斯特斯与亨利五世妥协签署沃姆斯教约，规定主教由教士选举产生，产生分歧时皇帝有干预权;当选的主教由皇帝授予世俗权力，由教皇授予宗教权力。沃姆斯教约算是使这场主教任命权的斗争哲告一段落。

教皇与皇帝争夺主教任命权的斗争，本质上是争夺主教领地上的政权和征税权的斗争。无伦教皇也好，皇帝也好，他们要建立包罗万象的大一统的政权，都是侵犯意大利人民利益的。但皇帝权力的削弱，有利于意大利诸侯们趁机摆脱德意志封建主的统抬，诺曼人也得以巩固了自己在南意大利的统洽，一些富裕起来的城市在双方角逐中较容易地争取到自治的权力。